Sur une debian :

1. aller sur la page de download de dokuwiki et sélectionner ce qui est nécessaire (par exemple en limitant aux langues nécessaires et en ajoutant les plugins populaires désirés).
2. télécharger le tar.gz proposé.
3. tar xvfz [dokuwiki].tar.gz pour décompresser l'archive
4. mv [dokuwiki/] /var/www/html/ pour placer les sources au bon endroit (dans un apache2.4, par exemple), on peut profiter pour renommer le répertoire si désiré.
5. cd /var/www/html
6. chown -R www-data:www-data [dokuwiki/] pour donner au serveur web les droits en écriture dans le répertoire
7. il est nécessaire de configurer son serveur web, notamment pour empêcher l'indexation du répertoire data/.
8. dans le navigateur se diriger sur http://[serveur]/[dokuwiki]/install.php et suivre les instructions.
9. cd [dokuwiki/] && rm install.php pour supprimer le script d'installation, une fois celle-ci faite.

Il y a plusieurs méthodes, mais si on a accès aux sources alors il faut changer le fichier :

lib/tpl/dokuwiki/images/logo.png

Les favicon se trouvent au même endroit.

Si la mise en place d'un serveur mail (par exemple postfix) n'est pas envisagée ou possible, il existe un plugin bien pratique : SwiftMail

Il permet d'indiquer un serveur SMTP alternatif.

Il peut y avoir plusieurs raisons de modifier le contenu des messages de notification. Par exemple, lors de la création de nouveaux utilisateurs, celui-ci peut-être notifié par email de son nouveau compte, y compris son mot de passe.

Le texte de l'e-mail pourrait par exemple conseiller à l'utilisateur de modifier son mot de passe.

Il faut modifier le fichier suivant :

inc/lang/fr/password.txt

Bien entendu, il s'agit là du texte en français, il est nécessaire de modifier les fichiers des autres langues utilisées…

Pour modifier les autres messages, c'est la même méthode.

La doc : https://www.dokuwiki.org/install:upgrade

Ce qui revient à :

 wget http://download.dokuwiki.org/src/dokuwiki/dokuwiki-stable.tgz
 tar zxvf dokuwiki-stable.tgz
 cp -R /contenu/répertoire/extrait/* /chemin/de/install/dokuwiki/
 chown -R www-data:www-data /chemin/de/install/dokuwiki/*

En gros, c'est fait.

Encore plus simple : utiliser le plugin Dokuwiki Upgrade. Testé, il fonctionne correctement.