La doc : https://www.dokuwiki.org/install:upgrade

Ce qui revient à :

 wget http://download.dokuwiki.org/src/dokuwiki/dokuwiki-stable.tgz
 tar zxvf dokuwiki-stable.tgz
 cp -R /contenu/répertoire/extrait/* /chemin/de/install/dokuwiki/
 chown -R www-data:www-data /chemin/de/install/dokuwiki/*

En gros, c'est fait.

Encore plus simple : utiliser le plugin Dokuwiki Upgrade. Testé, il fonctionne correctement.