Sur une debian :

1. aller sur la page de download de dokuwiki et sélectionner ce qui est nécessaire (par exemple en limitant aux langues nécessaires et en ajoutant les plugins populaires désirés).
2. télécharger le tar.gz proposé.
3. tar xvfz [dokuwiki].tar.gz pour décompresser l'archive
4. mv [dokuwiki/] /var/www/html/ pour placer les sources au bon endroit (dans un apache2.4, par exemple), on peut profiter pour renommer le répertoire si désiré.
5. cd /var/www/html
6. chown -R www-data:www-data [dokuwiki/] pour donner au serveur web les droits en écriture dans le répertoire
7. il est nécessaire de configurer son serveur web, notamment pour empêcher l'indexation du répertoire data/.
8. dans le navigateur se diriger sur http://[serveur]/[dokuwiki]/install.php et suivre les instructions.
9. rm install.php pour supprimer le script d'installation, une fois celle-ci faite.
10. !

La doc : https://www.dokuwiki.org/install:upgrade

Ce qui revient à :

 wget http://download.dokuwiki.org/src/dokuwiki/dokuwiki-stable.tgz
 tar zxvf dokuwiki-stable.tgz
 cp -R /contenu/répertoire/extrait/* /chemin/de/install/dokuwiki/
 chown -R www-data:www-data /chemin/de/install/dokuwiki/*

En gros, c'est fait.

Encore plus simple : utiliser le plugin Dokuwiki Upgrade. Testé, il fonctionne correctement.