L'intérêt de l'agriculture bio, du moins d'une certaine agriculture bio (plutôt locale, par exemple), est d'abord d'alléger l'empreinte écologique de la production de nos aliments.
L'important, c'est de faire en sorte que les terres restent fertiles et de diminuer la consommation d'énergie fossile (transports, engrais, pesticides, etc.).
L' agroécologie est de ce point de vue tout à fait intéressante également.
Edit : enfin, si l'on réduit la consommation de produit dangereux par l'agriculture industrielle (qui est assez récente, somme toute), il est possible que le niveau de ces produits diminue dans les fruits et légumes bio.